La paroi des intestins n'est pas lisse. Elle est faite de plis minuscules que l'on appelle villosités. La maladie coeliaque détruit ces villosités qui s’atrophient.
En éliminant le gluten de l’alimentation, peu à peu les villosités redeviennent normales, la paroi de l’intestin se reconstruit et peut de nouveau jouer son rôle de barrière et d’absorption